نشأت وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي مع نشأة الجامعة بموجب الأمر السامي الكريم رقم 7305/م ب وتاريخ 3/9/1430هـ لتكون بمثابة نقطة الانطلاق للجامعة نحو تحقيق رسالتها وأهدافها، ولتكون الأساس الذي يبنى عليه للوصول إلى الريادة العالمية والتميز في جميع المجالات وعلى وجه الخصوص الدراسات العليا والبحث العلمي.